Suite aux évènements relatés dans « Sonic & Knuckles », le Death Egg du Dr Eggman a été définitivement détruit lors de la quête de la Master Emerald. Pourtant, le scientifique n'a pas dit son dernier mot et prépare activement sa vengeance dans l'espace où il est en train de construire une version plus puissante de sa base spatiale nommée Death Egg 2. Mais le robot de patrouille de Tails l'a repéré et envoie les images à l'atelier de Tails où le renard et Sonic les visionnent. Tails construit alors une fusée, le Luna Fox, pour aller régler le problème avant que le Death Egg 2 ne soit achevé, mais deux problèmes se posent : d'abord, le Luna Fox a besoin de l'énergie des Chaos Emeralds pour être activé, et ensuite cet engin est monoplace. Les Chaos Emeralds sont éparpillées à travers la planète, et chacune est entre les mains d'un personnage : Sonic et Tails bien sûr, mais aussi d'autres anciens persos de la saga comme Knuckles, Amy, Espio ou Fang, ainsi que deux nouveaux, Bean the Dynamite ( un canard vert qui lance des bombes et picore le crâne de ses adversaires ) et Bark the Polarbear ( un ours polaire, comme son nom l'indique, doté d'une force herculéenne )… soit 8 personnages jouables car étrangement dans ce jeu les Chaos Emeralds sont au nombre de 8 !!…
Sonic et Tails se rendent sur Angel Island pour demander conseil à Knuckles afin de résoudre ces problèmes, et l'échidnée répond que puisqu'il n'y a qu'une place dans la fusée, seul le plus fort peut y aller. Evidemment, pour Knuckles l'entêté, le plus fort ne peut être qu'un échidnée rouge, et il demande donc à Sonic de lui remettre son émeraude. Sonic refuse et les deux rivaux veulent en venir aux mains quand Tails décide d'organiser un tournoi entre les 8 gardiens pour savoir qui se rendra sur le Death Egg 2 grâce au Luna Fox.