Le Dr Eggman a actionné la commande du Chaos pour diviser le monde en 7 parties. Mais le pire est à venir : il a l'intention de transformer chacune de ces parties en un empire Eggman.
Sonic et Tails ont été séparés de leurs amis et font équipe pour que le monde retrouve son ordre initial. Pour cela, ils doivent ramasser 7 Chaos Emeralds et actionner la commande du Chaos, de façon à effacer les dégats causés par le Dr Eggman.
Mais le Dr Eggman n'a pas l'intention de les laisser faire. Grâce à ses talents d'ingénieur, il a fabriqué un redoutable robot de combat. Il est déterminé à tout faire pour arrêter Sonic.