Histoire de Sonic et Knuckles

A la fin de Sonic 3, la base d'Eggman est de nouveau en mauvais état et s'écrase sur l'Île Flottante, tout cela à cause de Sonic. Mais Eggman, n'a pas dit son dernier mot et compte conquérir le monde avec sa nouvelle création, Mecha Sonic, un robot à l'image de Sonic qui peut utiliser la puissance de l'Émeraude Mère. Sonic et Knuckles qui c'est rendu compte qu'il s'est fait berner se lance à la poursuite d'Eggman, des Chaos Émeraudes et de l'Émeraude Mère.